No es sólo que los "científicos" (la profesión científica, y la misma palabra "científico" no se consolidarían hasta bien entrado el siglo XIX) intentaran presentar su nueva actividad como una respetable forma de religión, sino incluso como su versión original. El mismo Francis Bacon exaltó la nueva ciencia experimental en su Novum Organum insertándola en el relato bíblico del Génesis: la caída de la raza humana había conducido a una pérdida de la ciencia original y los "baconianos" de la Royal Society, como el obispo Thomas Sprat, podian reverenciar la verdadera religión en la nueva ciencia experimental, frente al "Plan B" de la religiosidad convencional.
A la vez, la adopción del método científico influyó en la autoconcepción de la teología que, en la visión de Charles Hodge, podía verse a sí misma como una ciencia baconiana tan rigurosa como la filosofía natural. Sólo más tarde, sobre todo tras la recepción del darwinismo, las relaciones entre ciencia y religión habrían seguido una trayectoria mucho más "desafortunada" e independentista.
